فیلم چشمه در سه داستان موازی دنبال میشود. "فیلم با داستان یک شوالیه قرن شانزدهمی اسپانیایی به نام توماس آغاز میشود. او در جنگلهای محل زندگی مایاها سرگردان است تا شیره افسانهای درخت حیات را برای ملکهاش بیابد.
داستان دوم و اصلی به زندگی دکتر تام کرئو میپردازد که دیوانهوار به دنبال درمانی برای سرطان میگردد تا همسر دلبندش(ایز) را از مرگ نجات دهد.
در داستان سوم که پانصد سال بعد روایت میشود و بسیار سورئالیستی است تام را دنبال میکنیم که در فضا روان است، شناور بر جزیره کوچکی که تنها درختی کهنسال در آن وجود دارد. آنها به سمت یک سحابی عازم هستند که زمانی ایز(همسر دکتر تام کرئو) از آن به عنوان مکان آرامش سخن گفته بود." +